Η 14η Σεπτεμβρίου είναι ιστορική για τους απανταχού οπαδούς του Πανιωνίου και όχι μόνο, αφού ιδρύθηκε στην Σμύρνη το ιστορικό σωματείο. Συγκεκριμένα σαν εχθές το 1890 ιδρύθηκε ο μουσικογυμναστικός σύλλογος «Ορφέας», από τον οποίο τρία χρόνια αργότερα θα ιδρυθεί ο γυμναστικός σύλλογος «Γυμνάσιον». Οι δυο τους συγχωνεύτηκαν το 1898 δημιουργώντας τον Πανιώνιο Γυμναστικό Σύλλογο Σμύρνης.
Αποτέλεσε το πρώτο Ελληνικό γυμναστικό σωματείο της Σμύρνης και συγκαταλέγεται στα αρχαιότερα της Ελλάδας. Το 1922 εγκαταστάθηκε στην Αθήνα μετά την Μικρασιατική καταστροφή και από το 1940 μέχρι και σήμερα εδρεύει στη Νέα Σμύρνη.
Εχει μεγάλες διακρίσεις σαν σωματείο σε πολλά αθλήματα, όπως τους δύο ευρωπαϊκούς τελικούς στο πόλο, αλλά και σπουδαίους τίτλους σε μπάσκετ, ποδηλασία, στίβο και ποδόσφαιρο.
Συγκεκριμένα στον βασιλιά των σπορ αριθμεί δύο Κύπελλα Ελλάδος το 1979 επικρατώντας της ΑΕΚ με 3-1 στον τελικό και το 1998 κερδίζοντας με 1-0μ τον Παναθηναϊκό. Παράλληλα έχει ηττηθεί σε μεγάλο τελικό άλλες τέσσερις φορές.
Ψηλότερη θέση στο πρωτάθλημα ήταν το 1971, όπου αναδείχτηκε δεύτερος. Εκείνη τη σεζόν κατέκτησε το Βαλκανικό Κύπελλο κερδίζοντας στους τελικούς της Μπέσα. Στο τελικό βρέθηκε και το 1986, αλλά ηττήθηκε από την Σλάβια Σόφιας.
Επίσης σε ευρωπαϊκό επίπεδο σημαντικότερες στιγμές του ήταν οι πέντε συμμετοχές του στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ, οι δύο στο Κύπελλο Κυπελλούχων και η μία στο Κύπελλο Διεθνλών Εκθέσεων. Στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ έφτασε στους ομίλους το 2008 κερδίζοντας της Ντ. Τιφλίδας με 5-2, αλλά χάνοντας από Σοσό με 1-0, από Σπόρτινγκ με 4-1 και από Νιούκαστλ με 1-0. Τελευταία του ευρωπαϊκή εμπειρία αυτή της σεζόν 2017/2018, όπου στον δεύτερο προκριματικό γύρο απέκλεισε την Γκόριτσα με δύο νίκες 2-0 και 3-2, ενώ αποκλείστηκε στον τρίτο με δύο ήττες από 1-0 κόντρα στην Μακάμπι Τελ Αβίβ.